旧房改造未办证的处理方式较为复杂，需要根据不同的情况而有所区别。一般来说，未办证的改造有以下两种情况：

1. 已经完成改造但未办理相关手续

该情况下，需要业主先办理相关手续，包括设计方案审批、施工许可证、施工工程竣工验收等手续。此时需要向相关部门申请办理，如市政工程管理局、建筑工程质量监督站等。业主需要提供相关的证明材料，如房屋所有权证、施工图设计申请表、施工许可证申请表等。经过审核通过后，可以办理相关手续，获得改造合法化的资格。

2. 正在进行改造但未办理相关手续

该情况下，需要业主立即停工，并向相关部门申请办理相关手续。否则，将可能受到行政处罚，导致工程无法继续进行。此时需要联系当地的建筑工程质量监督站，向该部门提供施工图纸，申请设计方案审批和施工许可证。此外，还需要提交验收报告，并邀请相关部门对改造工程进行验收。如果经验收合格，就可以办理竣工验收手续，获得改造合法化的资格。

综上所述，未办证的旧房改造处理方式需要根据实际情况而定，但是一定要尽早与相关部门联系，尽快办理相关手续，避免因未办证而导致的不必要的损失和风险。