马桶底下存水少的原因有很多，以下是几种可能的原因：

1. 排水管道阻塞：马桶的存水量与排水管道的通畅程度有关。如果管道被堵塞，马桶就无法排水，存水量也会减少，此时需要使用管道通通清洁剂或请专业人员进行清理。

2. 垫子不平衡：马桶下面的垫子不平衡也会影响存水量，解决方法是重新调整垫子，使其平衡。

3. 内部零件损坏：马桶底部的水箱内部零件与存水量密切相关，如水箱内漏水、闪烁开关老化等都可能导致存水量减少。此时需要进行修理或更换零件。

4. 水压不足：水压不足也会导致马桶底下存水量减少。如果是这个原因，可以考虑更换水龙头或增加水压。

5. 坏了：马桶本身可能存在问题，导致存水量减少。这种情况需要更换马桶或者请专业人员来修理。

总之，马桶底下存水少的原因有很多，需要从各个方面进行检查，找到问题的根源，才能采取正确有效的解决方法。同时我们也要平时注意排水管道保洁和马桶保养，以减少故障发生的可能。