如果发现厕所顶部浸水，需要及时采取措施，以避免造成更大的损害。以下是一些处理方法：

1.关闭主水阀：首先，需要关闭主水阀，阻止水流进入厕所，并避免厕所内的污水外溢。

2.清除堵塞：如果是因为管道堵塞造成的厕所顶部浸水，可以使用下水道疏通器或者厕所抽水器进行处理，将污水排出去。

3.检查密封：如果发现马桶密封不好，可以检查密封圈是否有损坏，如果有损坏需要更换密封圈。

4.维修漏水：如果是水管漏水导致厕所顶部浸水，需要找到漏水位置并及时进行维修，防止水流继续损坏。

5.增加放水孔：如果经常出现厕所顶部浸水的情况，可以考虑增加放水孔，让厕所排水更顺畅，避免压力过大导致水流倒灌。

总之，发现厕所顶部浸水时，需要及时采取措施，避免水流对房屋造成更大损害，在处理时也需注意安全。如果自己不能解决问题，可以找专业的修理工进行处理。