马桶底部清理不干净可能的原因有很多，下面介绍几种常见的情况：

1.清洁不彻底：由于马桶底部和排污管道比较深，只靠普通的清洁剂和刷子来清洁往往不彻底，残留的污垢容易在接下来的使用中堆积并形成异味。

解决方法：使用专业的清洁工具，比如马桶刷和马桶垫，可以更好地清洁马桶底部和排污管道，以达到彻底清洁的效果。

2.积水不足：如果马桶的水箱水位设置过低，水量不足，那么排泄物就可能不够水冲洗，从而留下残留物。

解决方法：适当调高水位，也可以通过自动清洁的马桶盖来增加水压和水流，保证彻底冲洗马桶底部和排污管道。

3.堵塞问题：排泄物过大或者纸张等卫生用品过多而落入排污管道中，就容易造成底部不干净的问题。

解决方法：使用马桶清洁剂或者通管器可以尝试解决堵塞问题，避免排泄物长时间滞留并产生异味。

4.老化问题：如果马桶使用过久或者底部密封老化破裂，就可能会漏水或者漏出异味。

解决方法：更换密封环或者更换整个马桶，以保持良好的使用效果。

综上所述，清理马桶底部并不简单，需要根据具体情况来采取合适的措施。定期进行清洁和保养是避免底部不干净和产生异味的有效方法。