发现油烟机主机进水后，首先应该立即停止使用，以避免电器短路等问题。接下来，可以采取以下措施进行处理：

1.检查原因：先检查进水的原因，是因为雨水进入还是操作不当导致的。如果是前者，应该及时修理屋顶或者安装防水措施；如果是后者，需要注意使用方法，避免将水溅入主机。

2.拆开主机：将主机拆开来，并进行仔细的检查，看看哪些部件都已经被水泡着了，这样可以判断出哪些部件受损严重。同时，要小心操作，避免进一步损坏电路板等部件。

3.清洗干燥：将受损的部件进行清洗，用清水洗净，并且用干毛巾擦干水分。然后可以用电吹风或者自然风将部件的表面吹干，但是需要注意温度和风力，不能直接对着部件吹干，以免烤坏部件。

4.更换零件：如果有电器或者排气扇烧坏了，需要更换部件。最好是请专业的维修人员来更换，以避免自己安装不当导致更多的问题。

5.安装并检测：重新安装完之后，应该进行检测，看看油烟机的排气是否畅通，是否有漏电等问题。如果还有问题，需要再次进行排查和修复。

总之，在油烟机主机进水后，及时采取措施进行处理可以避免更多的损失和安全隐患。如果自己无法处理，最好是及时联系专业维修人员来解决，以确保家庭安全。